華東理工大學生物工程學院的辦學歷史起源于1955年國內最早成立的我校抗生素制造工學專業。1972年上海科學技術大學生物系調入我校，1980年抗菌素專業更名為生物化學工程專業，1982年生物化學工程系成立。1986年食品工程專業招生。1996年生物工程學院成立。

　　學院（系）于1991年獲批全國第一個生物化工博士點，1995年建成生物反應器工程國家重點實驗室，1996年成立國家生化工程技術研究中心（上海）。2002年生物化工被批準為國家重點學科，2008年生物工程被批準為國家特色專業，2015年國內第一個生物工程博士學位授權一級學科獲得批準。

　　學院（系）堅持生物學與工程學相結合的辦學理念，突顯生物過程工程學科特色，強化專業教學與科研、產業間互動，累計為國家培養出楊勝利院士、李永舫院士、劉昌勝院士為代表的9000多位具有扎實工程學基礎和生物學基礎、注重實踐和創新能力的高素質優秀人才。

　　學院現設生物工程、生物科學、生物技術、食品科學與工程、食品質量與安全5個本科專業。研究生培養設置了生物工程（一級學科）、生物化工（二級學科）、生物學（一級學科）、食品科學（二級學科）4個碩士點，生物工程（一級學科）、生物化工（二級學科）、生物化學與分子生物學（二級學科）3個博士點，以及生物工程、食品工程2個專業學位領域。學院擁有國內外頂尖的學科帶頭人和一大批中青年學術帶頭人及學術骨干，師資力量雄厚，梯隊結構合理。現有教職工182人，其中專任教師中具有正高職稱40人，副高職稱56人；博士生導師40人、碩士生導師82人。

　　學院擁有生物反應器工程國家重點實驗室和國家生化工程技術研究中心（上海）兩個國家級科研基地和若干研究所，承擔了一大批國家級科研項目和重大橫向課題，取得了數十項省部級、國家級科技獎項。學院正以繼承傳統、保持優勢、開拓創新的步伐，朝著建設國際一流的研究型生物工程學院目標邁進。